پزشکیان در ۷ مهر ۱۳۳۳ از پدری ترک آذری و مادری کُرد در مهاباد به دنیا آمد. او تحصیلات ابتدایی خود را در زادگاهش مهاباد طی کرد و سپس به ارومیه رفت و در هنرستان کشاورزی ارومیه، دیپلم صنایع غذایی گرفت.
پس از اخذ دیپلم، در سال ۱۳۵۲ جهت انجام خدمت سربازی به شهر زابل در استان سیستان و بلوچستان منتقل شد و در همین دوره بود که به پزشکی علاقه پیدا کرد.
در نتیجه در سال ۱۳۵۴ و پس از اتمام خدمت سربازی، دیپلم دوم خود را در رشتهٔ علوم تجربی اخذ کرد و در سال ۱۳۵۵ در رشتهٔ پزشکی دانشگاه علوم پزشکی تبریز پذیرفته شد.
پزشکیان در دوران جنگ ایران و عراق، مسئول اعزام اکیپ‌های پزشکی به جبهه‌ها بود و هم‌زمان به‌عنوانِ رزمنده و پزشک فعالیت می‌کرد.
فعالیت دانشگاهی
او دورهٔ پزشکی عمومی خود را در سال ۱۳۶۴ به پایان رساند و در سمت مربی فیزیولوژی شروع به تدریس در دانشکدهٔ پزشکی نمود.
در سال ۱۳۶۹ تخصص خود در رشتهٔ جراحی عمومی را از دانشگاه علوم پزشکی تبریز اخذ کرد و سپس در سال ۱۳۷۲ فوق‌تخصص جراحی قلب را از دانشگاه علوم پزشکی ایران دریافت نمود و در بیمارستان قلب شهید مدنی تبریز استخدام شد که بعدها رئیس این بیمارستان شد.
پزشکیان استاد جراحی قلب و عروق دانشگاه علوم پزشکی تبریز است. او در طی سال‌های ۱۳۷۳ تا ۱۳۷۹، ریاست این دانشگاه را عهده‌دار بود.
وی سردبیر مجلهٔ تحقیقات قلب و عروق و قفسهٔ سینه است که در مرکز تحقیقات قلبی-عروقی دانشگاه علوم پزشکی تبریز منتشر می‌شود. او از سال ۱۳۸۹ عضو پیوسته فرهنگستان علوم پزشکی ایران است.
وزارت بهداشت
پزشکیان مابین ۱۳۷۹ تا ۱۳۸۰ در دورهٔ وزارت محمد فرهادی، معاون سلامت وزارت بهداشت، درمان و آموزش پزشکی در کابینهٔ اول سید محمد خاتمی بود.
پیش از سال ۱۳۸۰ و تشکیل کابینهٔ دوم محمد خاتمی، پزشکیان در میان فعالان سیاسی ایران شناخته شده نبود.
او در کابینهٔ دوم سید محمد خاتمی به‌عنوان وزیر بهداشت، درمان و آموزش پزشکی از مجلس رأی اعتماد گرفت.
انتصاب او به وزارت بهداشت باعث استعفای بعضی از مدیران وزارتخانه شد. از جمله غلامرضا انصاری در نامه‌ای او را شایستهٔ وزارت ندانست.
او در دورهٔ تصدی وزارت، پس از گذراندن دو سال از این سمت، به خاطر مشکلات دارو، تعرفه‌های پزشکی و سفرهای خارجی، مورد استیضاح مجلس قرار گرفت که رأی نیاورد و با کسب اعتماد مجدد مجلس وزیر ماند.
در دورهٔ وزارت او طرح مجلس برای واگذاری دانشگاه علوم پزشکی به وزارت علوم به نتیجه‌ای نرسید.
انتخابات ریاست‌جمهوری ۱۳۹۲
پزشکیان در ۲۱ اردیبهشت ۱۳۹۲ و در آخرین روز ثبت‌نام انتخابات ریاست‌جمهوری ایران (۱۳۹۲) با حضور در وزارت کشور در این انتخابات نام‌نویسی کرد اما از نامزدی انصراف داد.او دلیل انصراف خود را ثبت‌نام اکبر هاشمی رفسنجانی اعلام کرد.
انتخابات ریاست‌جمهوری ۱۴۰۰
پزشکیان در آخرین روز ثبت‌نام نامزدهای انتخاباتی، اقدام به ثبت‌نام در سیزدهمین دوره انتخابات ریاست‌جمهوری ایران کرد که در نهایت توسط شورای نگهبان رد صلاحیت شد.
وی که در آن زمان نماینده مجلس بود از شورای نگهبان خواست دلایل رد صلاحیت او را اعلام کند.
او در نطقی در مجلس که با اعتراض نمایندگان مواجه شد و آن را «دشمن شادکن» خواندند، گفت «اگر قرار است گروهی حرف بزنند اجازه بدهید طرف مقابل هم حرف بزند اگر قرار است عده‌ای در قدرت باشند، بگذارید همه باشند. کشور مال همه است، مال دسته یا گروه خاصی نیست. مردم پشت سر ما حرف‌های خوبی نمی‌زنند. ما مقصریم.»
انتخابات ریاست‌جمهوری ۱۴۰۳
وی در روز شنبه ۱۲ خرداد ۱۴۰۳ با حضور در وزارت کشور برای انتخابات ریاست‌جمهوری دوره چهاردهم ثبت‌نام کرد و در ۲۰ خرداد صلاحیت وی توسط شورای نگهبان احراز شد.
پیش از اعلام صلاحیت نامزدها، جبهه اصلاح‌طلبان او را در کنار اسحاق جهانگیری و عباس آخوندی، کاندیدای خود معرفی کردند.
پس از اعلام نام نامزدهای نهایی، جبهه اصلاحات او را به عنوان تنها نامزد خود اعلام کرد زیرا دیگر نامزدهای آنها تأیید صلاحیت نشدند.
سید محمد خاتمی و حسن روحانی، رئیس‌جمهورهای پیشین ایران، هم از او حمایت کردند.
پزشکیان به‌دنبالِ بهبود روابط با غرب بر سر برنامه هسته‌ای ایران به‌منظور کاهش تحریم‌های آمریکا بوده و موضع ملایم‌تری در قبال الزام زنان به حجاب داشته است.
یکی از رویکردهای او جلب نظر رای‌دهندگان سرخورده، به‌ویژه نسل‌های جوان است.
پزشکیان در دور اول انتخابات ریاست‌جمهوری ۱۴۰۳ با کسب ۱۰٬۴۱۵٬۹۹۱ رأی با قرار گرفتن در جایگاه اول به دور دوم انتخابات راه پیدا کرد و در رقابت با سعید جلیلی توانست با کسب ۱۶٬۳۸۴٬۴۰۳ رأی به عنوان رئیس‌جمهور جمهوری اسلامی ایران انتخاب شود. او در این انتخابات نمایندهٔ جبههٔ اصلاحات ایران بود
